Une fois de plus, le professeur Wily fait des siennes et c'est à Mega Man, Protoman et même Bass d'arrêter le savant fou.
À la différence des épisodes plus conventionnels de la série, Mega Man: The Power Battle se concentre exclusivement sur les duels contre les robots de Wily. Il en résulte ainsi un jeu hybride, à mi-chemin entre le beat'em all et le Mega Man traditionnel.
Face aux multiples adversaires proposés, tous issus de la série classique, le joueur a accès à trois personnages : Mega Man, Protoman et Bass. Comme dans tout bon Mega Man, le joueur peut récupérer les armes des robots vaincus et les utiliser pour faciliter sa progression.
À l'instar de la plupart des jeux d'arcade, Mega Man: The Power Battle peut se jouer à deux.
