Basé sur la bande dessinée X-Men, il est le premier jeu de combat produit par Capcom en utilisant des personnages sous licence de Marvel Comics. Sorti au milieu des années 1990, au cours de la série animée X-Men, le jeu propose la voix des acteurs de la série reprenant leurs rôles. L'intrigue du jeu est basée sur l'histoire du cross-over des comics X-Men "Fatal Attractions" - les joueurs contrôlent un des X-Men ou de leurs ennemis dans leur lutte contre le méchant Magnéto. Ils font face à chacun des autres personnages du jeu dans des combat en un-contre-un, avant de combattre le Fléau et Magnéto lui-même.
Le gameplay a beaucoup a beaucoup de points communs avec les précédents jeux de combat de Capcom, Super Street Fighter II Turbo et Darkstalkers. X-Men: Children of the Atom ajoute un système de combo qui comporte de longs combos qui peuvent même être effectuées en l'air. De plus, le jeu comporte également différentes man?uvres tactiques, y compris la capacité des personnages à faire des roulades. X-Men: Children of the Atom a également introduit des environnements de combat multi-niveaux où le sol s'écroule et les personnages tombent dans les parties inférieures du niveau. Ces concepts et le rythme rapide du jeu fournit la base pour la série de Capcomm : Marvel vs Capcom. Cette dernière commenca avec le successeur de ce jeu : X-Men vs Street Fighter.
