Professor Mariarti est, comme le titre l'indique, un scientifique fou. Toutes ses expériences n'ont pas fonctionné comme prévu, et il doit maintenant couper le courant dans cinq de ses laboratoires (les quatre premiers pouvant être abordés dans n'importe quel ordre).
Le jeu se déroule comme un platformer classique : Mariarti saute par-dessus les précipices et esquive les ennemis (il peut encaisser quelques coups avant de mourir) jusqu'au bout du niveau, où se trouve l'interrupteur. Au début, il ne dispose que de clés à molette pour se défendre, mais en progressant, il collecte des pièces disséminées dans les laboratoires, qu'il peut utiliser pour acheter des armes plus avancées, comme un canon laser. Les ennemis réapparaissent après un court laps de temps. Pour avancer, il doit également résoudre des énigmes en collectant des objets et en les plaçant au bon endroit, ainsi que plusieurs casse-têtes à interrupteurs.