Mega Phoenix reprend le concept du jeu d'arcade Phoenix dans les années 90. Le jeu est un shoot'em up à écran unique dans lequel le joueur se déplace de gauche à droite tout en tirant sur plusieurs vagues. Le joueur dispose d'une fonction de bouclier, qui dure peu de temps (après quoi il doit être rechargé pour être réutilisé) et qui paralyse le vaisseau lorsqu'il est actif.
Les premières vagues sont constituées de plusieurs petits êtres extraterrestres qui se déplacent de la flotte vers le joueur à intervalles aléatoires - les contacts avec ces êtres tuent le joueur. Les phoenix mortels qui vous tirent dessus viennent ensuite, suivis du Mega Phoenix lui-même et d'un boss final, avant que tout ne se répète avec une difficulté plus élevée.
