XD est centré sur les Pokémon sombres, des Pokémon dont le cœur a été scellé et qui utilisent désormais des compétences obscures pour vous attaquer, vous et vos amis Pokémon. Vous incarnez un personnage principal sans nom qui part à l'aventure avec sa petite sœur, Mana. Votre quête consiste à libérer les Pokémon sombres de leurs dresseurs égarés et à rouvrir leur cœur. Pour ce faire, vous utiliserez un oculaire appelé Aura Searcher, qui identifie les Pokémon obscurs grâce à leur lueur violette caractéristique, et votre Snatch Machine, qui arrache les Pokémon obscurs au combat. XD propose une quête complète de type RPG, qui vous emmène dans différentes villes et différents lieux. Vous rencontrerez de nombreux personnages humains au cours de vos voyages.
