Bien qu'il soit présenté comme un jeu en deux parties, Saise-hen est entièrement indépendant de Hakai-hen. Les joueurs recevront un bonus de départ dans Saise-hen en fonction du nombre de fois où ils ont terminé Hakai-hen, ainsi qu'un bonus supplémentaire pour avoir joué tous les scénarios de Hakai-hen, mais les machines et les pilotes débloqués ne seront pas transférés.
Toutes les séries de Hakai-hen reviennent, avec leurs suites/secondes saisons le cas échéant. Macross 7 fait ses débuts dans la série Z, et Dynamite 7 apparaît pour la première fois dans un SRW. La seule série complètement nouvelle, Tetsujin 28, est l'incarnation des années 1980 d'une série de robots qui précède même Mazinger.