Atelier Meruru Plus : The Apprentice of Arland ajoute de nouveaux éléments de développement de terrain au système de jeu RPG et de simulation, offrant ainsi une profondeur et un gameplay supplémentaires dans cette aventure de style anime. En outre, du contenu et des fonctionnalités supplémentaires sont inclus, notamment de nouveaux costumes, de nouvelles fins et tous les DLC de la version PS3.
Un an après les événements d'Atelier Totori : The Adventurer of Arland, l'histoire commence au Royaume d'Arls, une petite nation située à l'extrême nord-ouest de la République d'Arland. Ce royaume pittoresque n'a pas les machines et l'alchimie hautement développées de la grande nation, mais il est néanmoins prêt à rejoindre la République. Cependant, de nombreux obstacles doivent d'abord être surmontés.