Lors d'une sortie scolaire, l'enfant prodige Sorata Suzuhara s'égare après avoir entendu une chanson mystérieuse et s'évanouit. Lorsqu'il revient à lui, il se trouve dans un endroit inconnu et rencontre une jeune fille qui l'informe qu'il se trouve dans le Japon du début du siècle ! Afin de l'aider à rentrer chez lui, Sorata la suit jusqu'à un navire qu'elle attend, mais lorsque celui-ci apparaît, ce n'est pas un voilier en bois, mais un avion rond qui vole grâce à une technologie qui dépasse l'imagination de Sorata. Plus étrange encore, il découvre que les 12 autres passagers - 3 jeunes femmes et 9 hommes - sont tous supposés être des espers dotés de pouvoirs spéciaux, et qu'ils effectuent une sorte de voyage à la demande d'une entité multinationale connue uniquement sous le nom de The World. Quel est le but de leur voyage ? Quelle est leur destination ? Qui est le Monde ? Avant même que Sorata ne puisse faire le point sur sa situation, le navire est attaqué et le mystère qui l'entoure ne fait que s'épaissir. Plongez dans l'histoire du navire et de ses occupants à travers le point de vue de chacune des trois filles, et percez les mystères qu'il renferme.