Sept cents ans avant les événements d'Ys I et II, le royaume d'Ys était au bord du gouffre. Des hordes de démons déferlèrent, forçant les Déesses jumelles qui régnaient sur ces terres à expulser leurs sujets de la surface, les réfugiant dans les nuages. Mais les démons, tenaces, érigèrent une tour colossale pour les poursuivre. La bataille qui faisait rage sur terre commença à se propager dans les airs.
Un jour, au cœur de ce chaos, les Déesses s'éclipsèrent dans la nuit, disparaissant à jamais d'Ys. Un seul endroit pouvait les accueillir : la Tour du Diable.
Une expédition de chevaliers et de sorciers fut hâtivement formée et envoyée à la surface dans l'espoir de retrouver ces divinités fugitives. Parmi ses membres se trouvaient l'apprentie chevalière Yunica Tovah et le sorcier tourmenté Hugo Fact.
Voici leur histoire. Du moins, telle qu'ils s'en souviennent.