Command & Conquer se déroule dans un univers alternatif, peu de temps après qu'une mystérieuse substance extraterrestre s'est écrasée sur terre près du Tibre en Italie. Cette substance appelée « Tiberium », extrêmement précieuse, malgré sa toxicité, est capable d'absorber et de cristalliser les métaux précieux du sol environnant. Une société secrète connue sous le nom de Confrérie du Nod, dirigée par un messie du nom de "Kane", prétend avoir prévu l'arrivée du Tiberium et a de grands projets pour son avenir.
Le joueur, peut choisir de mener des missions au nom du GDI ou du Nod, en construisant des bases et en commandant des troupes, généralement pour détruire les factions ennemies et étendre son influence sur les pays. La campagne du GDI se déroule principalement en Europe, celle du Nod s'intéresse davantage à l'Afrique.
