Tous les personnages des trois premiers Mortal Kombat sont de retour pour l'ultime bataille. Vous pouvez incarner Kano, Reptile, Mileena, Kung Lao, Shang Tsung, Sindel, Sketor, Stryker, Nightwolf, Sheeva, Kitana, Scorpion, Sonya, Smoke (Cyber Ninja), Rain, Jade, Baraka, Johnny Cage, Ermac, Noob Saibot, Sub-Zero (Unmasked), Sub-Zero (Classic), Jax, Rayden, Cyrax, Liu Kang, Smoke (Human), Kabal, Goro, Kintaro, Motaro ou Shao Kahn.
Ce jeu de combat en un contre un permet au joueur de choisir parmi plus de trente personnages différents, chacun ayant son propre style de combat et ses propres mouvements spéciaux. Trilogy diffère des autres jeux en ce sens que vous pouvez jouer des combinaisons de personnages qui ne sont pas possibles autrement, comme l'ancien Liu Kang contre le nouveau Liu Kang, etc.
