Le détective Conan revient chez les WonderSwans en poursuivant ses efforts pour déjouer la redoutable Organisation Noire. Le jeu présente de nouveaux mystères et de nouveaux personnages de l'univers de Conan.
Les nouvelles fonctionnalités incluent la recherche de clés. Les clés représentent des éléments de preuve que vous pouvez utiliser pour résoudre les énigmes logiques du jeu. Une fois que vous aurez trouvé toutes les clés, vous pourrez tenter de résoudre l'énigme. Cependant, en cherchant des clés, on trouve souvent des indices. Les indices sont des informations qui vous indiquent la direction à suivre pour trouver une clé. Les indices sont également présentés, seuls ou combinés, à diverses personnes dans le but d'obtenir des informations ou des clés. Une fois que vous aurez toutes les clés, vous pourrez avoir une grille logique entière, sinon il y aura des zones grisées sur la grille.
Il y a aussi maintenant un mode dans certains cas où Conan devra poursuivre le suspect à travers plusieurs zones avant de le maîtriser.
Le jeu enregistre vos informations au début du jeu pour créer un personnage basé sur vous. Ce personnage peut être échangé avec d'autres possesseurs de
Meitantei Conan : Nishi no Meitantei Saidai no Kiki ! ? via le câble de communication.
Ce jeu alterne entre un affichage horizontal pour le jeu normal et l'enquête, et un affichage vertical pour le carnet de détective de Conan.
