C'était le 7 juillet 2011. Au cours d'une enquête sur un trafic d'armes en Afrique du nord, un équipe des forces de la paix se retrouve en présence d'une espèce carnivore. Les créatures se montrent résistantes aux attaques conventionnelles. 8 spécimens ont été rencontrés dans une région appelée "Ground : ALPHA" ... Seules 4 des créatures furent contenues. Les victimes des créatures ont succombé à un mystérieux virus mangeur de chair.
Ce n'était cependant pas une infection virale mais une contamination parasite : des vers furent trouvés sous la peau des spécimens de Ground: ALPHA.
Ces parasites, appelés "Alpha-worms" déposent des douzaines d'œufs dans leurs hôtes et produisent de nombreuses larves. Ces larves transforment petit à petit leurs hôtes en machines à dévorer.
Seul un ninja moderne tel que Ken Ogawa est capable de contrer ce fléau en utilisant ses trois armes et ses différentes techniques ninjutsus.