Année 2552. La planète Terre existe toujours, mais la surpopulation a forcé beaucoup de ses anciens résidents à coloniser d'autres mondes. Après que le contact avec une colonie extérieure a été perdu, un groupement tactique a été envoyé pour enquêter et a été presque entièrement détruit; un seul vaisseau gravement endommagé est revenu pour parler d'un navire de guerre extraterrestre apparemment invincible qui avait anéanti leurs forces sans effort.
Ce fut la première rencontre de l'humanité avec un groupe d'extraterrestres qui serait connu sous le nom de Covenant, une alliance de races aliens déterminée à éradiquer la race humaine. Un plan désespéré est alors lancé : monter à bord d'un navire Covenant et apprendre la localisation de leur monde d'origine. Mais avant le début de la mission, les forces Covenant frappèrent et anéantirent ce plan.
